언제 등록했느냐로 달라지는 양도세 — 중과배제 · 거주주택 특례 · 장기보유특별공제

⚠ 이 글은 일반적인 세법 제도 설명입니다. 세금은 사람마다 보유 기간·세대·주택 수에 따라 크게 달라지니, 실제 세법 상담은 전문 세무사에게 받으시기 바랍니다.

결론부터

등록 임대주택이 받는 양도세 혜택은 세 갈래이고, 셋 다 「언제 어떤 유형으로 등록했나」로 갈립니다. ① 임대주택 자체를 팔 때 다주택 중과에서 빼 주는 것, ② 내가 사는 집을 팔 때 임대주택을 주택 수에서 빼 주는 것(거주주택 특례), ③ 오래 임대한 집의 장기보유특별공제를 더 주는 것. 하나를 받는다고 나머지가 따라오지 않습니다.

① 다주택 중과배제 — 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호

중과는 조정대상지역에 있는 집을 팔 때만 붙습니다(20강). 그 집이 아래 「장기임대주택」이면 중과하지 않습니다. 가액은 임대개시일 당시 기준시가입니다.

• 모두 임대료 5% 이하 증액(증액 뒤 1년 안 재증액 금지)이 붙습니다. 2019.2.12 이후 계약 체결·갱신분부터입니다(부칙 제29523호 제6조).
• 마목에서 빠지는 집 — ① 1주택 이상 가진 세대가 조정대상지역에서 2018.9.14 이후 취득한 장기일반(다만 2018.9.13까지 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사실이 확인되면 제외) ② 2020.7.11 이후 아파트를 장기일반으로 등록 신청한 집 ③ 2020.7.11 이후 단기를 장기일반으로 바꿔 신고한 집. 아목도 조정대상지역 신규 취득분은 빠집니다.
• 나목(2003.10.29 이전 등록)·라목(2008.6.11~2009.6.30 미분양 매입)은 옛 등록분입니다.
• ★ 2026.10.1부터 새 기한 — 종전 장기일반 아파트 매입임대와 종전 단기 아파트는 2027.12.31까지 팔아야 중과배제됩니다. 다만 의무기간이 2027.1.1 이후 끝나는 집은 「말소일부터 1년」과 2027.12.31 중 늦은 날, 재건축 조합설립인가 등이 있으면 이전고시일부터 1년이 되는 날 등으로 늦춰집니다(제167조의3 제11항).

② 거주주택 특례 — 시행령 제155조 제20항

장기임대주택과 거주주택 1채를 가진 세대가 거주주택을 팔 때, 1주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용합니다(양도가액 12억원 초과분 과세 구조는 같음 · 5강).

• 임대기간을 다 채우기 전에 거주주택을 팔아도 되지만, 나중에 못 채우면 2개월 안에 차액을 신고·납부합니다(제21항·제22항).
• 거주주택이 예전에 임대등록했던 집이고 그 전에 다른 거주주택을 판 적이 있으면, 직전 양도일 이후 기간분만 비과세됩니다(제20항 후단).

③ 장기보유특별공제 특례 — 조세특례제한법

• 2023년 개정 전에 이미 종전 규정의 적용 대상이 된 임대주택은 부칙(법률 제19199호 제38조)의 경과 규정에 따라 종전 규정을 따질 수 있습니다. 다만 2023.1.1 전에 등록했다는 사실만으로 50%·70%가 자동 적용되는 것은 아닙니다 — 종전 법의 등록 기한(매입임대 원칙 2020.12.31), 2020.7.11 아파트 제외, 임대기간·5% 요건을 함께 확인합니다. 제97조의3과 제97조의4는 함께 받을 수 없습니다(제97조의3 제2항).
• 현행 제97조의3은 국민주택규모 이하, 임대개시일 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하, 5% 요건이 붙고(시행령 제97조의3 제3항), 70%는 임대기간 중 양도차익에만 적용합니다(같은 조 제5항).

등록 시기별 한눈에 (매입임대 · 요건을 모두 갖춘다는 가정)

이럴 땐 달라집니다

• 자동말소된 아파트(옛 8년 장기일반)는 10년을 채울 수 없습니다. 2020.10.7 조특법 시행령은 자동말소되면 「8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다」고 해 50%를 열어 두었습니다(옛 제97조의3 제2항 제2호 · 2020.8.18 이후 말소분부터 · 부칙 대통령령 제31086호 제2조). 이 문구는 현행 시행령 본문에는 없지만, 2023.1.1 전에 등록한 집은 종전 규정을 따르고(법률 제19199호 부칙 제38조), 국세청 「2026 주택과 세금」 270~271쪽도 이 간주를 그대로 안내합니다. 그래서 다른 요건(5% 증액 제한 · 국민주택규모 · 임대개시일 기준시가 등)을 갖췄다면 원칙적으로 50%를 받을 수 있습니다. 실제 적용은 등록일·임대기간·말소일과 당시 경과 규정을 함께 확인해 판단합니다.
• 중과배제와 거주주택 특례의 「장기임대주택」 범위가 다릅니다 — 마목 1)(조정지역 신규 취득)은 중과배제에선 빠지지만 거주주택 특례에선 들어갑니다.
• 말소된 뒤의 처리는 53강, 제97조·제97조의5 같은 옛 감면은 54강을 봅니다.

울산은

• 2026년 10월 현재 울산은 조정대상지역이 아니므로, 울산 집을 팔 때 ①중과배제는 실익이 거의 없습니다. 다른 지역 조정대상지역 집을 팔 때 울산 임대주택이 주택 수에 어떻게 잡히는지(제167조의3 제1항 제10호 「일반주택」)를 봅니다.
• 울산 손님에게 실익이 큰 것은 ②거주주택 특례입니다. 살고 있는 울산 집을 팔 때 등록 임대주택이 주택 수에서 빠질 수 있습니다.
• 울산은 수도권 밖이라 가목·마목은 3억원, 아목은 2억원(임대개시일 기준시가)이 기준입니다.
• 중구·남구는 2020.12.18 조정대상지역으로 지정되어 2022.9.26 해제됐습니다. 그 지정 기간에 1주택 이상 세대가 새로 사서 장기일반으로 등록한 집은 마목 1)에 걸릴 수 있습니다(거주주택 특례에는 영향 없음).

신고 전 세무 전문가 확인을 권합니다.

근거 · 소득세법 시행령 제155조 제20항~제23항 · 제167조의3 제1항 제2호 · 제10호 · 제11항 · 부칙(대통령령 제29523호 · 제31083호 · 제35349호) · 조세특례제한법 제97조의3 · 제97조의4 · 부칙(법률 제19199호) · 조세특례제한법 시행령 제97조의3 · 제97조의4